的艾滋病病毒感染率保护等位基因(CCR5-AŽ”32,ccr2 - 64我和SDF1-3A¢€™一)在土耳其人口

文摘

目的:基因变异的基因编码人类免疫缺陷Virus-1 (hiv - 1)趋化因子受体及其配体可能参与对hiv - 1感染和艾滋病的进展。变异最频繁调查CCR5-Δ32,ccr2 - 64 i, SDF1-3'A。在这项研究中,我们调查的频率高于土耳其人口中多态性,评价保护性的遗传贡献对艾滋病毒感染。方法:共有205名参与者在献血者招募从锡诺普,土耳其。的基因最初是由聚合酶链反应(PCR)分析三个变量检查,这使得分析32-bp CCR5基因的删除。CCR2和SDF1扩增子进一步受到限制片段长度多态性(RFLP)分析基因型的决心。结果:CCR5-Δ32等位基因频率在我们的人口为3.17%,未发现纯合子的科目。的pcr ccr2 - 64 - 55我多态性透露9纯合子(4.39%)和杂合的(26.83%)受试者给予17.80%的等位基因频率。筛查SDF1-3'A多态性取得了12个纯合子(5.85%)和87例杂合的(42.44%)等位基因频率高27.07%。CCR5-Δ32等位基因的频率在我们的人口似乎低相比其他白人群体,然而,ccr2 - 64我和SDF1-3'A等位基因是常见的。 Conclusion: The interaction between HIV and the chemokine system advanced our understanding of the pathogenesis of HIV/AIDS and the investigation of resistance-conferring variants in different

关键字

hiv - 1、趋化因子受体多态性、CCR5-Δ32 ccr2 - 64 i, SDF1-3'A

介绍

获得性免疫缺陷综合征(艾滋病)在1981年首次被认为是一种新的疾病和逆转录病毒,现在被称为人类免疫缺陷病毒1型(hiv - 1)随后被确认为病原体(1]。猴免疫缺陷病毒(SIV)从黑猩猩和大猩猩在跨越物种屏障至少四次,导致hiv - 1 M组,N, O和P在人类中,然而,在这些群体中,只有hiv - 1 M组蔓延全球2]。hiv - 1在1983年被首次发现,1985年hiv - 2。两种病毒感染的CD4 +细胞淋巴细胞和单核吞噬细胞谱系,有相似的遗传结构几乎相同的开放阅读框(3]。hiv - 1通过性传播、经皮和围产期路线(1]。

艾滋病毒coreceptors CCR5基因多态性,CCR2和自然配位体趋化因子受体CXCR4的SDF1在艾滋病毒发病机理和传播起着重要的作用。最重要的CCR5 coreceptor多态性是一种灭活32 bp在CCR5删除吗基因(CCR5-Δ32)导致截断的CCR5蛋白质未能表达在细胞表面。而纯合子个体出现抵抗感染和具有高的抗HIV - 1感染,这个突变杂合的出现部分防止艾滋病毒感染,有延迟和艾滋病发作的疾病进展缓慢4- - - - - -6]。

CCR2是另一个假定的hiv - 1趋化因子coreceptor不太清楚的角色。CCR2多态性的结果替换的异亮氨酸,缬氨酸(V→我)在64年的位置,位于CCR2的跨膜域。ccr2 - 64我变体已经没有针对艾滋病毒感染的保护作用,但与显著延缓艾滋病的发病甚至在杂合的条件CCR5Δ32和ccr2 - 64我都是独立和有效的添加剂影响延迟发展为艾滋病(6,7]。

基质细胞衍生因子1 (SDF1)趋化因子受体CXCR4的自然趋化因子配体,主要coreceptor T-tropic艾滋病毒菌株。SDF1-3'A G多态性是一个单核苷酸的变化在密码子801位于一个另外的3 '端非翻译区拼接mRNA转录。感染艾滋病毒的个体变异纯合子SDF1-3'A显示显著的保护水平与艾滋病(6- - - - - -8]。

全球、民族和地区分布的艾滋病毒/艾滋病防护变异显著不同,因此给每个人不同的自然遗传抗性概要文件感染艾滋病毒/艾滋病的进展。在目前的研究中,我们旨在调查CCR5-Δ32的频率,ccr2 - 64我和SDF1-3'A多态性在土耳其人口和比较与其他世界上人口比率。

材料和方法

研究人群

二百零五份血液样本是从土耳其锡诺普省献血者招募。所有的捐赠者都无关的土耳其居民。这项研究已通过Ondokuz马邑村大学研究伦理委员会和知情同意了所有的参与者。基因组DNA提取从10 ml EDTA治疗静脉血样用盐析法(9]。

基因分型

基因分型CCR5-Δ32,ccr2 - 64我和SDF1-3'A突变最初是由使用成对的引物PCR与一些修改之前提到的文献[10]。由于CCR5-Δ32是32-bp删除(gtcagtatcaattctggaagaatttccagaca)突变,它决心与PCR,另外两个突变的检测(我和SDF1-3'A ccr2 - 64)被PCRRFLP证实。

测定CCR5-Δ32 25μl PCR反应混合物包含1 x Taq DNA聚合酶缓冲区,1.5单元Taq DNA聚合酶(热费希尔科学),MgCl2 2毫米,0.2毫米核苷酸,每个引物和1 1μMμl (100 - 300 ng)基因组DNA。反应混合物受到初始变性94 oc 5分钟后跟35周期30年代的94°C, 63°C 30年代和72°C 45 s在72°C和最后一个扩展步骤7分钟完成了反应。分析了扩增子EtBr 2.5%琼脂糖凝胶和乐队在紫外凝胶文档可视化系统。野生型基因(wt / wt)导致184个基点的片段,而Δ32突变体(Δ32 /Δ32)导致152个基点的片段。杂合的(wt /Δ32)产生的碎片(图1)。

ccr2 - 64我多态是由PCR-RFLP决定。380 bp CCR2基因产物是放大在25μl PCR反应混合物与相同条件下CCR5-Δ32。反应混合物受到94°C的初始变性5分钟后跟35周期30年代的94°C, 62°C 30年代和72°C 45 s在72°C和最后一个扩展步骤7分钟完成了反应。10μl PCR的产品被用于执行RFLP分析25μl反应体积使用6 u BseGI限制性内切酶(热费希尔科学)。在55摄氏度一夜孵化后,消化产品分析EtBr 2.5%琼脂糖凝胶和乐队在紫外凝胶文档可视化系统。野生型基因(GG)是由一个380个基点的片段,而限制BseGI确定突变概要(AA)与生产两个乐队在215个基点和165个基点。产生的杂合子(GA)三个乐队在380个基点,215个基点和165个基点(图2)。

SDF1-3'A多态性也由PCR-RFLP决定。302个基点SDF1基因产物是放大在25μl PCR反应混合物与相同条件下的CCR5-Δ32和PCR运行遵循了同样的程序我ccr2 - 64。PCR消化之后的10 6 U MspIμl PCR产物(热费希尔科学)25μl反应体积在一夜之间在37摄氏度和消化产品可视化。野生型基因(GG)产生两个乐队在100个基点和202个基点,而纯合突变体(AA)决心用一个乐队在302个基点。产生的杂合的突变体(GA)三个乐队在302个基点,202个基点和100个基点(图3)。

统计分析

SPSS统计软件包22日计划是用于分析。等位基因频率在研究中被等位基因数计算,土耳其和其他人群之间等位基因频率的比较确定了使用z检验统计数据。当等位基因频率两个种群之间的差异增加,p值变得接近于零;等位基因频率差异降低时p值增加。哈迪温伯格平衡计算的R 3.1.3程序。测试结果进行评估的统计显著性水平α= 0.05。

结果

基因型和等位基因分布CCR5-Δ32,ccr2 - 64 i, SDF1-3'A位点在土耳其人口所示表1。的pcr CCR5-Δ32多态性显示13杂合的科目(6.34%)在205年PCR分析样品给3.17%的等位基因频率。没有纯合子受试者发现CCR5-Δ32删除。的pcr ccr2 - 64 - 55我多态性透露9纯合子(4.39%)和杂合的(26.83%)受试者给予17.80%的等位基因频率。的pcr SDF1-3'A多态性显示12个纯合子(5.85%)和87例杂合的(42.44%)等位基因频率高27.07%(表1)。

表2。艾滋病毒/艾滋病防护等位基因频率在不同的人群。

CCR5-Δ32的频率,ccr2 - 64我和SDF1-3'A等位基因调查205年一群从两性献血者年龄≥18锡诺普,土耳其。这是确定;64.6%的个人(n = 132)测试进行的至少一个多态性研究纯合或杂合的状态,19%的个体(n = 39)进行的两个多态性在纯合或杂合的状态,且只有一个个人(0.5%)进行所有三个多态性进行杂合的状态。33.2%的个人(n = 68)的多态性检测。观察到的整体基因型频率按照哈迪温伯格平衡,P (CCR5-Δ32)= 0.639,P (ccr2 - 64 - i) = 0.232, P (SDF1-3'A) = 0.284。表2显示了CCR5-Δ32的等位基因频率,ccr2 - 64 i, SDF1-3'A从先前的研究在世界的不同人群。

讨论

我们现在的人口调查三艾滋病毒/等位基因频率艾滋病修改基因在土耳其人口。CCR5-Δ32的频率,ccr2 - 64我和SDF1-3'A调查了一组205名献血者来自锡诺普,土耳其和等位基因频率为3.17,17.80,和27.07,分别。CCR5-Δ32分布、ccr2 - 64我和SDF1-3'A等位基因频率在不同种族人群不同,因此每个人都有自己的特定签名的等位基因调查。

非常接近的比例CCR5-Δ32等位基因在克里特岛,希腊人在塞浦路斯是地理上靠近土耳其。然而,类似的频率确定种族或地理上遥远的人群(在中国,墨西哥、巴西、Uygurian巴林)。CCR5-Δ32等位基因被发现在白种人与高频率,频率范围从4到16%在欧洲,并显示一个南北梯度,但突变是几乎没有在非洲,亚洲和美国原住民的人口。明显的地理分布是兼容的单一和最近的起源的假说突变在北欧22,37]。岁CCR5-Δ32-bearing单体型可能CCR5-Δ32变体是计算~ 700岁,从275 - 1875年38]。零星出现的这种突变在其他非欧洲人口(南卡罗来纳的黑人,巴西黑人,藏人,柬埔寨人等)可能是由于高加索外加剂在这些人口(39]。锋利的南北梯度的歧视的例子是早些时候报道在法国的人口分析17](表2)。(37]报道的等位基因频率在Uygurian CCR5-Δ32人口4.40%,这个比例是类似于以前的报告率为3.48 (31日]。我们CCR5-Δ32等位基因频率值(3.17)也接近这个值。令人惊讶的是,尽管等位基因频率几乎没有其他调查人群在中国(除了蒙古人口的等位基因频率很低,f = 1.12%),这是在Uygurian人口高达3.48%(表2)。相对高频Uygurian和蒙古人口可能解释的亲密关系,他们表现出年与俄罗斯和白种人因为它们位于中国的北部和西部地区,和/或也与土耳其人一个共同的起源,从而反映出可能的基因流动。似乎我们CCR5-Δ32等位基因频率远高于亚洲人群,但降低了欧洲人口与一些例外。不同于政治地图,人种的欧洲地图的原因很复杂,因为强化混合不同人群由于历史事件和过程的迁移等同化,国际婚姻33]。因此,等位基因的起源和传播在欧洲人口与更大的人口在各集团需要进一步的研究。

ccr2 - 64我突变相比之下似乎是常见的所有人群的研究。这可能是相关的,因为这种突变是古老的,它可以发生在分裂之前的三大种族31日]。我ccr2 - 64等位基因的频率在人口从3%到43%不等,这等位基因几乎没有几个东南亚人口(39]。ccr2 - 64我等位基因的频率和等位基因频率如下:10%的白人,15%的非裔美国人,25%的亚洲人(15]。相比(表2),类似ccr2 - 64我在喀麦隆频率观察,约旦,匈牙利瓦拉几人吉普赛人、厄瓜多尔、突尼斯和Uygurian在中国。

类似SDF1-3'A频率观察在中国汉族人群中,巴林和克里特岛(表2)。SDF1-3'A多态性的流行相当广泛,很高在大洋洲,亚洲,澳大利亚和非洲人口相对较低(15,36,37]。异常高的在大洋洲,尤其是在新几内亚高地人达到高达72%,非洲裔人口的相对较低。个人SDF1-3'A等位基因的纯合子的报道显示更好的疾病预后和缓慢发展为艾滋病(40]。另一方面,一些研究表明等位基因的纯合子的情况与加速疾病进展相关。SDF1-3'A等位基因的影响与加速度和进展有关艾滋病毒感染艾滋病显然是隐含在突尼斯人口;SDF1-3的等位基因的纯合基因型频率在感染艾滋病病毒的人口是37.1%,而只有5.4%的健康人群。然而,同样的效果没有被观察到的杂合的基因型之间的感染艾滋病病毒的人口(40%)和健康的捐赠者(42.6%)。看来SDF1-3'A纯合性与更快的CD4 T细胞减少和迅速发展为艾滋病41]。因此,相比之下CCR5-Δ32等位基因的严格的保护作用,一个SDF1-3'A等位基因对疾病预后的影响的不确定性存在,和等位基因在不同的调查人群包括艾滋病感染者和健康的捐赠者可能有助于更好的澄清效果的生物学基础。

结论

遗传流行病学对hiv - 1感染防护标记的研究将是有用的在很多方面,如检测高危个体对疾病进展,需要使用不同的或更积极的治疗策略,和监控这些人在较短的时间内。由于这些原因,评估提供遗传抗性的变异频率在不同人群艾滋病可能有助于预测艾滋病流行的动态以及获得的洞察力的变体。更广泛的研究更大的数据集在不同人群可能值得决定性的结果。

承认

这个项目是由锡诺普大学研究基金会的资助(项目没有:苏,BAP: fef - 1901.14 - 01)。作者承认锡诺普大学科学技术研究应用和科学合作研究中心(SUBITAM)(致力于教授Ismet柏柏尔人的珍贵记忆,谁是创始人的中心的主任和这个项目的顾问)。符合道德标准

的利益冲突

作者都没有任何的利益冲突声明。

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